เรื่องย่อของ คุกกี้รัน คิงดอม ในอดีตดินแดนอันไกลโพ้น เมื่อความร้อนจากยุคเหล็กและไฟที่เริ่มมอดลง เหล่าสิ่งมีชีวิต(ที่น่าจะหมายถึงคุกกี้) ที่ถูกอบขึ้นโดยแม่มดก็มีอยู่กระจายไปทั่วมุมโลก วันหนึ่งก็ได้มีการปรากฏตัวของ คุกกี้ในตำนานทั้งห้า พร้อมกับ แยมจิตวิญญาณที่บริสุทธิ์ ด้วยสติปัญญาอันชาญฉลาด พวกเขาได้รวบรวมคุกกี้ทั้งหลาย และได้รับการสถาปนาเป็นผู้ครองอาณาจักร และเกิดเป็นยุคแห่งการฟื้นฟูอารยธรรม
แต่แล้ว! ความรุ่งเรืองก็คงอยู่ได้ไม่นาน เมื่อผู้นำความมืดปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับเงาแห่งความชั่วร้ายที่แผ่ขยายไปทั่วดินแดน และตกอยู่ในความวุ่นวายอีกครั้ง เหล่าคุกกี้ผู้กล้าทั้งห้าตัวลุกขึ้นสู่ เปิดสงครามที่จะชี้ชะตาของคุกกี้ทั้งปวง
แนะนำคุกกี้ผู้กล้าทั้ง 5 ตัว
- คุกกี้ผู้กล้าหาญ ( Brave Cookie )

เป็นคุกกี้ตัวแรกที่เริ่มที่จะหนีจากแม่มด เขาคนนี้เป็นตำนานผู้บุกเบิกหาช่องทางในการหลบหนีจากเตาอบ ใครจะรู้ว่าวันหนึ่งคุกกี้เหล่านี้จะมีชีวิตขึ้นมาได้ เชื่อว่าพวกแม่มดอาจจะใส่วัตถุดิบผงวิเศษชุบชีวิตลงไปด้วยก็เป็นได้
- คุกกี้รสสตรอว์เบอร์รี ( Strawberry Cookie )

คุกกี้น่ารักรสสตรอว์เบอร์รีสวมชุดกันหนาวสีแดง แม้เธอจะขี้อาย ดูไม่มั่นใจ และไม่กระตือรือร้นเท่าไร แต่ก็มีกลิ่นหอมหวานที่สุดในบรรดาผู้กล้า หอมจนขนาดที่ว่าสามารถเปลี่ยนรสชาติของเยลลี่ทั้งหมดให้กลายเป็นรสสตรอว์เบอร์รีได้เลยทีเดียว
- คุกกี้พ่อมด ( Wizard Cookie )

เป็นคุกกี้ตัวเดียวที่เหมือนจะแปลกแยกไปจากพวก เพราะบังเอิญได้ไม้กายสิทธิ์ของแม่มดมาโดยบังเอิญทำให้เขามีพลังวิเศษ บวกกับไอศกรีมโคนลูกกวาดทรงคว่ำบนหัว ทำให้เขายิ่งแข็งแกร่งมากขึ้นไปอีก
- คุกกี้รสซอสพริก ( Chilli Sauce Cookie )

ความเผ็ดจัดจ้านที่แค่ลิ้มรสเพียงเล็กน้อยก็มากเกินมาตรฐานของกฎหมายที่โลกคุกกี้กำหนดไว้ ทำให้เจ้าคุกกี้ตัวแสบไม่ค่อยสนใจใครเท่าไร จะวิ่งไปทางไหนก็จะเกิดความวุ่นวายตามมา ถ้าเกิดเขาเห็นของมีค่าที่มีแสงระยิบระยับก็จะคว้ามาเป็นของตัวเองแบบดื้อๆ เลย
- คุกกี้รสคัสตาร์ดรุ่นที่ 3 ( 3rd Custard Cookie )

คุกกี้หนุ่มน้อยผู้มีความฝันที่จะสร้างอาณาจักรอันงดงามในแบบของตนเองให้เหมือนกับอาณาจักรคุกกี้ที่รุ่งเรืองในอดีต ก็เพราะตลอดเวลาที่อยู่กับเพื่อนๆ เขาพูดโอ้อวดอยู่เสมอว่าได้ทำภารกิจทุกอย่างเพื่อเตรียมความพร้อมสำหรับการเป็นราชาผู้ยิ่งใหญ่